1978年,巧家縣政府在藥山籌建“蕎山森林管理站”。
1980年,設(shè)立“藥山森林公安派出所”。
1984年4月5日,云南省政府批準(zhǔn)建立藥山省級自然保護(hù)區(qū),劃定面積10215公頃,并在藥山鎮(zhèn)設(shè)立了藥山自然保護(hù)區(qū)管理所。
1990年后,由于在巧縣內(nèi)的楊家灣發(fā)現(xiàn)了巧家五針?biāo)扇郝洌?999年被國家認(rèn)定為Ⅰ級重點(diǎn)保護(hù)野生植物),以及在金沙江邊發(fā)現(xiàn)國家Ⅱ級重點(diǎn)野生植物——攀枝花蘇鐵群落,保護(hù)區(qū)范圍擴(kuò)大。
2003年,進(jìn)行自然保護(hù)區(qū)科學(xué)考察,正式確定了保護(hù)區(qū)邊界,面積擴(kuò)大到20141公頃。
2005年,經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)正式列藥山為國家級自然保護(hù)區(qū)(國辦發(fā)[2005]40號文),面積20141公頃,藥山自然保護(hù)區(qū)管理所也升格為管理局。
2005年11月,巧縣林業(yè)局和保護(hù)區(qū)管理局委托云南省林業(yè)調(diào)查規(guī)劃設(shè)計(jì)院制定“云南藥山國家級自然保護(hù)區(qū)總體規(guī)劃”,通過專家評審并上報(bào)。
2006年2月,巧縣林業(yè)局和保護(hù)管理局委托省林業(yè)調(diào)查規(guī)劃設(shè)計(jì)院開展“保護(hù)區(qū)建設(shè)工程可行性研究”,《可研報(bào)告》經(jīng)過專家評審,并隨云林計(jì)財(cái)[2006]33號文件上報(bào)國家林業(yè)局。
2006年6月,國家林業(yè)局以林計(jì)批字[2006]159號文《國家林業(yè)局關(guān)于保護(hù)區(qū)基礎(chǔ)建設(shè)項(xiàng)目可行性研究報(bào)告的批復(fù)》,對該項(xiàng)目主要建設(shè)內(nèi)容及投資作了批復(fù)。
2007年3月市、巧縣編委批準(zhǔn)成立云南藥山國家級自然保護(hù)區(qū)管理局,為巧家縣人民政府管理的副處級參公管理事業(yè)單位,業(yè)務(wù)上受林業(yè)部門指導(dǎo)。
云南藥山國家級自然保護(hù)區(qū)位于云南省昭通市巧家縣境內(nèi),由南北互不相連的兩片組成。
北邊的藥山片為保護(hù)區(qū)主體部分,地處金沙江與其主要支流牛欄江的匯合處,地理坐標(biāo),東經(jīng)102°57′47″~103°10′13″,北緯27°08′54″~27°25′31″;南邊的楊家灣片位于巧家縣城中南部,地理坐標(biāo):東經(jīng)102°59′59″~103°01′33″,北緯26°50′38″~26°53′47″。
保護(hù)區(qū)所在地域?qū)傥覈鞑啃偷牡途暩咴撅L(fēng)氣候,有著日溫差大,年溫差小,干濕季分明等特點(diǎn),雨熱同期,干暖季立體氣候明顯。氣溫隨海拔高度的增加而呈明顯的降低之勢。熱月(7月)平均氣溫從27.3℃下降到13.5℃;冷月(1月)平均氣溫從12.2℃下降到-0.1℃,降水量也隨海拔高度的不同而差異明顯。海拔1200米以下左右,年降水量不足1000毫米;海拔2000米左右,年降水量在1100毫米;海拔2500-3000米,降水量多;可達(dá)1500毫米。6-9月為雨季,占全年降水量的70%,在光能資源上,年日照平均時(shí)數(shù)為1889.5小時(shí);海拔840米,在全省處于中低值區(qū)。
藥山國家級自然保護(hù)區(qū)河流屬金沙江水系,各大小河流呈放射狀自轎頂山流出,進(jìn)入金沙江與牛欄江。長度大于10千米的河流約11條,河床坡降比大,水流湍急,河水經(jīng)流量的季節(jié)性很強(qiáng),雨季(5-10月)汛期經(jīng)流量占全年的75%,旱季因降雨少,河水經(jīng)流由地下水補(bǔ)給。地下水的主要形式有孔隙水,裂隙水和巖溶水三種,其中風(fēng)化玄武巖裂隙水是保護(hù)區(qū)主要的地下水類型。
藥山是烏蒙山脈的西支,為金沙江與其支流牛欄江的分水嶺。呈北南走向。主峰轎頂山海拔4041.5米,為滇東北高峰,山頂與河谷間的相對高差達(dá)3500米,在大地構(gòu)造上地處古楊子板塊的西部,為滇東臺褶帶組成部分,其西部邊緣是中國的小江斷裂帶。保護(hù)區(qū)的地層層序清楚,構(gòu)造形態(tài)和構(gòu)造運(yùn)動(dòng)遺跡完好,既有古陸板塊內(nèi)的古裂谷活動(dòng)遺跡,又有新構(gòu)造成運(yùn)動(dòng)痕跡。第四紀(jì)冰川活動(dòng)遺跡完整而典型,古生代以來的地質(zhì)地貌演化,深刻地影響了這一地區(qū)的地理特征在地貌區(qū)劃類型上。屬滇東岔地山原區(qū)的滇東北中山山原亞區(qū)的構(gòu)造溶蝕侵蝕地貌。保護(hù)區(qū)既有高山峽谷,也有斷崖巖坎,山勢險(xiǎn)峻,山頂面為受古冰蝕作用改造的夷平面,地形平緩延綿、角峰、刃背、溧礫、槽、洼地常見,且分布有數(shù)十處大小不等的冰蝕湖。
藥山特定的地理位置和山體高度、水熱條件和植被隨高度的變化,致使不同海拔高度的土壤,其形成過程、強(qiáng)度和發(fā)育方向不同,形成了性狀特征截然不同的土壤類型,表現(xiàn)出非常明顯的垂直分布規(guī)律。從金沙江、牛欄江河谷到藥山山頂,隨著海拔的升高,依次分布有以下土壤帶:燥紅土、紅壤、西坡、黃棕壤、棕壤、暗棕壤、亞高山草甸土、高山寒漠土。土壤垂直帶譜屬于季風(fēng)性帶譜系統(tǒng),據(jù)基帶土壤紅壤與優(yōu)勢土壤垂直帶所屬土綱(鐵鋁土、淋溶土)來看,帶譜類型系亞熱帶濕潤型,是滇東北、川西南、黔西地區(qū)具代表性的、也是典型完整的土壤垂直帶譜。
云南藥山國家級自然保護(hù)區(qū)管理局內(nèi)設(shè)辦公室、宣傳教育科、保護(hù)管理科、科研所四個(gè)副科級科室,下設(shè)東坪管理所、藥山管理所、楊家灣管理站、大村管理站、紅山管理站、大寨管理站2所4站。